Dự án được nhà đầu tư là Công ty cổ phần Du lịch Cần Thơ đầu tư phát triển. Năm 2009, Cục Thuế TP Cần Thơ tiến hành xác định lại tiền thuê đất theo Nghị định 142/2005 của Chính phủ và tính truy thu từ thời điểm tháng 11/1994 đến năm 2006 của doanh nghiệp với số tiền trên 2,2 tỷ đồng.
Tuy nhiên, kết luận thanh tra cho rằng áp dụng Nghị định 142 thì Công ty cổ phần Du lịch Cần Thơ thuộc đối tượng phải xác định lại đơn giá thuê đất và đơn giá thuê này chỉ được áp dụng từ ngày 1/1/2006.
Thanh tra Chính phủ khẳng định việc xác định giá thuê đất như vậy là chưa phù hợp theo Thông tư 333/2016 của Bộ Tài chính. Vì vậy đề nghị Cục Thuế TP Cần Thơ thực hiện điều chỉnh lại đơn giá thuê đất từng thời kỳ của Công ty cổ phần Du lịch Cần Thơ theo đúng quy định.
Dự án làng du lịch Mỹ Khánh được phát triển bởi nhà đầu tư Công ty TNHH Du lịch sinh thái Mỹ Khánh. Nhà đầu tư tổ chức họp dân công bố quy hoạch chi tiết xây dựng tỷ lệ 1/500 ngày 10/5/2012 theo quy định.
Đến thời điểm tháng 6/2018, chủ đầu tư đã thỏa thuận bồi thường được khoảng 150.115m2, diện tích còn lại chưa thỏa thuận bồi thường là 45.263m2. Đến thời điểm thanh tra, dự án chậm tiến độ so với giấy chứng nhận đầu tư 2 năm.
Thanh tra Chính phủ khẳng định, trong năm 2015-2016, nhà đầu tư sử dụng không đúng mục đích trên 19.000m2 đất. Tuy nhiên, nhà đầu tư đã kê khai nộp thuế sử dụng đất phi nông nghiệp năm 2017 và đã nộp thuế sử dụng sản xuất kinh doanh 19.000m2 vào ngân sách đúng quy định.
Dự án được Công ty cổ phần đầu tư Tập đoàn địa ốc Nova. Khu đất xây dựng dự án nằm ở quận Cái Răng có diện tích 45.640m2, doanh nghiệp chuyển mục đích sử dụng đất không tiếp giáp với các tuyến đường giao thông không có trong phụ lục bảng giá đất ở đô thị và bảng giá đất sản xuất kinh doanh tại Quyết định 22/2014 của UBND TP Cần Thơ.
Việc Sở Tài nguyên và Môi trường xác định là đất ở nông thôn và Chi cục thuế quận Cái Răng áp giá đất ở nông thôn cho diện tích 45.640m2 của dự án trong khi tại 4 giấy chứng nhận quyền sử dụng đất được xác định là đất ở đô thị là chưa phù hợp với Thông tư 36/2014 của Bộ Tài nguyên và Môi trường và chưa trình HĐND thành phố Cần Thơ để phê duyệt khung giá đất đối với dự án.
Dự án do Công ty cổ phần đầu tư phát triển miền Nam. Tháng 11/2017, UBND TP Cần Thơ có quyết định về việc phê duyệt điều chỉnh đồ án quy hoạch chi tiết tỷ lệ xây dựng 1/2000 cho dự án.
Sau đó, Trung tâm Phát triển quỹ đất TP Cần Thơ mới thực hiện hợp đồng bồi thường, hỗ trợ, tái định cư dự án. Thời điểm thanh tra, dự án đang thực hiện công tác đền bù, hỗ trợ, giải phóng mặt bằng và tái định cư, chậm tiến độ so với kế hoạch.
Việc giải phóng mặt bằng của dự án gặp khó khăn do nhiều hộ gia đình, cá nhân không phối hợp trong việc đo đạc, kiểm đếm lập hồ sơ bồi thường, hỗ trợ và quận Ninh Kiều không còn nhà ở tái định cư.
Thanh tra Chính phủ đã kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo UBND TP Cần Thơ thực hiện điều chỉnh lại đơn giá thuê đất từng thời kỳ của Công ty cổ phần Du lịch Cần Thơ theo đúng quy định. Yêu cầu chủ đầu tư dự án mở rộng Làng du lịch Mỹ Khánh thực hiện chuyển đổi đất đang sử dụng sai mục đích sang đất sản xuất kinh doanh.
